一个MOL2文件包含有关保存在SYBYL MOL2格式的分子模型信息。它存储多条记录，如分子，ATOM，BOND，子结构和SET，使用3D坐标指定蛋白质或其它化学化合物中的原子的结构一起。 MOL2文件类似于.MOL文件。
您可以使用各种分子可视化程序，如IQmol和阿伏伽德罗打开MOL2文件。 MOL2文件也可以使用文本编辑器，因为它们被保存在纯文本打开。
