在数据库（PDB）格式蛋白创建的数据文件;存储3D坐标指定蛋白质或其它化学化合物中的原子的结构;用作蛋白质结构研究中的一个标准格式;还使用由研究合作实验室结构生物信息学（RCSB）研究生物大分子。
许多蛋白质数据库文件是通过全球蛋白质数据银行（wwPDB），一个组织，档案馆大分子提供和自由分配them.NOTE：PDB文件通常出现在Java小程序，它使用的Jmol，一个开源的分子可视包。 PDB文件也被一些印象浏览器插件分子的支持。
