由MEGA，用来测试进化假说的程序中创建的数据文件;在MEGA小号对齐Explorer工具创建并包含一个基因的序列比对，其被对准的两个样本之间的遗传码的二进制表示。
MAS文件用于保存所计算的对准结果和诸如生成的系统发生树（MTS文件）来进行进一步的分析。
